Le Lilia Litvyak vogue... Avec Ayato et RahXephon à son bord. Le jeune homme dit être revenu du temple du temps de Nirai-Kanai en entendant la voix de feu Jin Kunugi, qui lui disait "protège". Dans une cabine, Shougo Rikudoh voit sa fille, Maya, qui vient lui dire merci, et adieu. Au matin arrive Futagami, alias Jumonji, des services de renseignements de l'Alliance ! Itsuki révèle à Haruka les secrets de l'histoire : Bähbem a trouvé deux jumelles muliennes il y a des années. L'une est restée endormie pour la maintenir jeune, c'est Quon. Il lui demande aussi si elle savait pour lui et son frère ainé. Oui, tout comme elle savait pour ses origines à la Fondation.
Quon, sur Hiranipra, croise Maya, ainsi que Mamoru, aussi connu en tant que Shinon Meru Baramu. Il cache une haine... Mais le temps des retrouvailles avec Bähbem, celui qui a créé un dieu, est bientôt venu. Isshiki, lui, a été incarcéré, et jeté par la Fondation, qui nie tout lien avec le D qu'il est... Sur la plate-forme du bateau, l'image d'Ixtli apparaît devant RahXephon, et Ayato répète ses mots. "Je suis une musique, pas une arme". Alors que les civils débarquent, Kim exprime le désir de rester avec Souichi. Il lui répond qu'il reviendra, quoi qu'il arrive. Quand Meg quitte le navire, elle avoue ses sentiments à Ayato, en les niant pour le laisser vivre avec sa sœur.
Ayato est devenu plus grand que Haruka ! Le temps a passé. Bien sûr, il ne peut pas se souvenir qu'a 14 ans ils sortaient ensemble, ni qu'elle l'a toujours aimé... Mais pour lui, le présent est clair, et la Haruka qu'il aime en fait partie. Un baiser vient sceller ces retrouvailles de 12 ans. Le devoir l'appelant, le capitaine Shitow doit partir, mais elle attendra son aimé, tandis qu'il promet de lui revenir. Les Dolem attaquent en nombre, et l'escadrille Alpha décolle avec ses Vermillon, de même que les Schwarzer de la Fondation. Cathy et Jean-Patrick tomberont au champ d'honneur. Mais Elvy aura sa vengeance en tuant Allegretto, alors que les cadavres de Vermillon montrent leur vrai visage.
Obbligato arrive sur le champ de bataille, lacérant les Schwarzer, pilotés par des clones d'Isshiki, des "D"... Le ton solennel d'Helena commence à effrayer Itsuki, à qui l'on montre un Bähbem végétatif pour diversion. Le vrai Bähbem, en Helena, vient annoncer à Ayato qu'il doit accomplir son destin. Il va guider Xephon, jusqu'à un état que nul humain ne peut effleurer. Mais sa destinée n'appartient qu'au jeune homme ; certes il va y aller, changer, mais parce qu'il a quelqu'un à protéger, il restera lui-même, grâce à la maturité que lui a donné son acceptation d'Ixtli. Alors le titan ailé irradie avec Ollin à son bord, et se transforme en RahXephon sacré...