Le Lilia Litvyak arrive bientôt au port de Nirai-Kanai, et Ayato passe des examens médicaux avant d'y entrer. Haruka est d'ailleurs rassurée de voir que le sang de ce dernier est rouge. Vient ensuite le commandant Kunugi, qui prend le jeune homme de haut il faut le dire, lui disant de "mettre sa montre à l'heure". Plus tard, alors que Haruka cherche son chat, Buchi, elle explique à Ayato que le temps s'écoule de façons différentes entre Tôkyô-Jupiter et le reste du monde. Puis la pilote Elvy Hadhiyat la prend à part, entre femmes. En effet, cette dernière demande à l'autre si ses camardes ne sont morts dans l'opération Overlord que pour récupérer un "garçon stupide"...
Dans le gigantesque navire, Ayato fait connaissance avec Quon, une étrange jeune fille qui le désarçonne un peu par son comportement "décalé" et le fait qu'elle l'appelle "Ollin". Alors qu'ils voient tous les deux le transfert de RahXephon sur un navire de l'Alliance Terrestre, Makoto Isshiki, émissaire de l'Alliance, débarque, et toute sa condescendance avec. Dans une réunion informelle, Ayato se rend compte du mérpris qu'on témoigne aux gens de Tôkyô-Jupiter, et Kunugi étouffe vite toute revendication qu'il pourrait faire sur "l'artefact de classe 5-A". Au même moment, Quon sent approcher un Dolem, sous la mer...
Finalement, Ayato est confiné à son insu dans une cellule antimulienne, et pas pour rien, puisqu'il possède la "Phase Mu" dans son ADN... Bien que Haruka plaide sa cause devant son commandant, Kunugi reste sur sa position, et ne montre qu'encore plus de ressentiment envers ce jeune homme qui préfère dessiner plutôt que s'informer de la situation actuelle du monde. Tout à coup, un D-1 (pour "Dolem") attaque la flotte de l'Alliance par la mer, détruisant un sous-marin surarmé. Alors que l'attaquant se rapproche de plus en plus du port, TERRA envoie les Eidolon, sorte de drônes munis de mitraillettes. Ces derniers se révèlent malheureusement inefficaces.
Le Dolem est arrivé au niveau du port, et ses tentacules pénètrent littéralement les murs, la fin est proche... Mais sur le navire de l'Alliance, déjà loin, RahXephon se meut de lui-même et prend la direction de Nirai-Kanai. Arrivé sur place, il vient chercher Ayato, et ce dernier voit soudain Reika Mishima qui lui tend la main, dans sa cellule. L'instant d'après l'avoir saisie, il a disparu de sa prison ! Une fois le Dolem détruit, Kunugi doit reconnaître le don de son jeune captif. Finalement, RahXephon est installé dans une espèce de base faite sur mesure, accueilli par le scientifique Itsuki Kisaragi... "Heureux de te revoir, Ollin".