Ayato est emmené devant le nouveau commandant du QG de TERRA, Makoto Isshiki. En effet, Kunugi a été assigné à résidence et suspendu de ses fonctions pour avoir tenté de protéger le jeune homme lors de sa fuite vers Tôkyô. Mais bien que "la Vipère Blanche" soit aussi méprisable qu'elle est méprisante, Haruka Shitow et Souichi Yagumo sont passés sous ses ordres, ce qui leur vaut l'antipathie du reste du personnel... C'est alors qu'apparaît Reika Mishima, vêtue de l'uniforme de TERRA ! Personne ne la reconnaît de prime abord, pourtant, le nouveau commandant sera le premier à la présenter. Elle se prénomme "Haruka"...
Alors qu'Ayato rentre chez lui, il est accosté par Mamoru ! Ce dernier dit avoir été sorti de Tôkyô par TERRA, et leur aurait faussé compagnie en apprenant qu'un certain Kamina habitait dans les environs. Lorsqu'ils rentrent tous les deux, ils tombent sur une Megumi qui attendait avec enthousiasme le retour de son colocataire. Cette dernière éprouve une certaine gène à aborder la nature d'Ayato, mais il la rassure immédiatement. "Ca ne me dérange pas non plus". Au QG de TERRA, Isshiki pratique la proposition indécente, mais ça ne prend pas avec Haruka. D'ailleurs, Helena le raillera en disant qu'il veut toujours ce qu'Itsuki convoite.
Elvy avoue à Haruka qu'elle admire sa force de caractère. Pour protéger Ayato, elle est quand même prête à travailler sous les ordres d'Isshiki ! Un Dolem est alors détecté, et cette fois, l'escadrille Alpha, maintenant équipée de Vermillon, ne sera pas au complet puisque son meneur a été mis à pied. Avant de partir, Donny Wong rencarde son supérieur. Celle-ci sourit. Chez Rikudoh, Mamoru ne cesse d'évoquer Hiroko dans ses propos, ce qui n'est pas sans conséquences sur Ayato. Quand tous deux s'aperçoivent du combat qui fait rage au dehors, Torigai implore son ami de le sauver, comme l'a fait Asahina... Le pilote de RahXephon lui fait alors le serment de le protéger.
Mamoru revêt une étrange coiffe une fois qu'Ayato est parti. En vérité, c'est lui l'instrumentiste du Dolem ! Bien qu'arrivé sur le champ de bataille, RahXephon est accaparé par une sorte de second Dolem qui aide le premier. C'est ainsi que mourra Donny Wong de la main du cruel Obbligato. Lorsque le titan ailé le charge pour venger le pilote du Vermillon, il jaillit en troisième bras de son adversaire qui le met en difficulté. Il ne devra son salut qu'à l'intervention d'Ixtli, lui révélant qui il souhaite réellement protéger en ce monde. Le Dolem ennemi fuit. Au soir, l'escarille Alpha pleure l'un des siens, et Haruka se demande si un jour Ayato remarquera les sentiments qu'elle éprouve pour lui...