Alors que Futagami enquête toujours de ça de là sur Nirai-Kanai, Ayato essaye de générer le bouclier de RahXephon pendant une séance d'essais avec le docteur Kisaragi. Makoto Isshiki ne manque pas de commenter l'échec retentissant qui en découle en déversant son fiel sur le jeune homme. Il convainc aussi Itsuki d'essayer de pénétrer dans le titan mystique, chose que son ami aurait toujours désirée... La nuit tombée, Quon se présente devant Ayato qui rentrait chez lui ; elle en profite d'ailleurs pour lui souhaiter une bonne et heureuse année, à lui et à Megumi.
Le lendemain, les pilotes et les filles du personnel de TERRA se retrouvent à la plage, avec Ayato. Chacune d'entre elles essayant d'être modèle du peintre, un combat acharné s'en suit entre Cathy et Elvy ! On apprend anecdotiquement que Reika aurait 29 ans si elle n'était pas restée dans Tôkyô. Or, Itsuki et Haruka ont le même âge... Un peu plus tard, sur un bateau, Ayato écoute une chanson rétro qu'aime cette dernière sans parvenir à s'en souvenir du titre. Tout à coup, Quon et lui aperçoivent Reikai Mishima au loin ! Au laboratoire, Reika apparaît aussi devant Itsuki, qui n'est pas parvenu à contrôler RahXephon...
Quon et Ayato sont déjà partis depuis longtemps vers les ruines d'un ancien temple, et semblent avoir disparu. Haruka a beau chercher de fond en comble, elle ne trouve qu'un tunnel scellé, et la visite impromptue de Futagami, décidément toujours là où on ne l'attend pas. Celui-ci lui parle de deux jeunes filles apparues voilà 38 ans devant le temple... Pendant ce temps, Sayoko essaye de consoler le docteur Kisaragi de la diparition de sa sœur, mais provoque sa colère. Après plusieurs jours écoulés, Haruka, toujours décidée à retrouver celui qu'elle cherche, part attendre devant les ruines.
Dans le tunnel du temple, Quon rencontre Ixtli, qui la nomme Ollin et lui parle de l'accord du monde en lui laissant un œuf noir... La jeune fille se voit alors il y a 38 ans, aux côtés d'une autre. Ayato, lui, tombe vers Tôkyô-Jupiter quand il entend une mélodie, douce, qui finalement le ramène devant Haruka. Quon et lui n'ont passé que quelques minutes dans ces ruines, mais leur disparition a duré des jours ! Heureux de rentrer chez lui, le jeune homme fredonne la mélodie qu'il a entendue dans le temple, "le destin de Katun", la chanson de Haruka. Celle-ci est aux anges. Dans un bar, Isshiki, qui fascine Sayoko, l'invite dans une chambre d'hôtel...