Le Vermillon émerge de Tôkyô-Jupiter lorsqu'on le prévient que RahXephon a disparu. En effet, Ayato est parti le cacher dans un barrage, sous l'eau. Hiroko apprend alors la vérité sur le monde réel, son étendue, son temps. Tout ceci a tendance à lui faire douter de sa propre existence... En vendant quelques breloques, le jeune homme arrive à gagner un peu d'argent pour poursuivre leur cavale. L'adolescente le sait bien, il fuit quelqu'un qui le cherche. Mais elle, personne ne la cherche... Dans un cinéma, Hiroko fait un effroyable cauchemar où une créature au sang bleu lui parle, et révèle un visage en enlevant son masque... Le sien.
Futagami, parti en chasse, remonte peu à peu la piste des deux fugitifs. En effet, il a trouvé le prêteur sur gage et le vendeur de tickets par lesquels est passé Ayato. Toutefois, il n'est pas près de coopérer avec Isshiki, et lui donne de fausses informations. A l'hôtel, Hiroko découvre du sang bleu sur sa brosse à dents, et revoit le monstre qui lui ressemble tant dans le miroir. Plus tard dans la nuit, elle essaiera d'avouer quelque chose à Ayato, sans succès... Ce dernier a trouvé un boulot payé à la journée qui lui permettra de tenir le temps de réfléchir sur sa vie. Ainsi, malgré son affection, il laissera Hiroko se morfondre et se dégoûter d'elle-même, seule.
Le lendemain, Hiroko fond en larmes, elle semble complètement déboussolée. Ayato, lui, parle d'une mère qui n'est pas vraiment la sienne, mais qu'au-delà de sa sévérité, il aurait presque pu l'aimer. La jeune fille ne trouve de réconfort que chez son interlocuteur, et l'enlace amoureusement. RahXephon réagit. Hiroko s'allonge sur son ami, prête à l'embrasser, et même bien plus... Mais c'est alors qu'un étrange Dolem apparaît, talonné par le titan ailé venu chercher son instrumentiste. Ayato va y aller, il va piloter, pour elle, pour quelqu'un qu'il doit protéger. Alors, il reviendra écouter ce qu'elle veut tant lui dire. Mais à son départ, une terrible ombre plane sur la jeune fille...
Sa capuche retombe sur sa tête telle un masque, et Hiroko est possédée par le monstre qu'elle a vu en rêve. Ayato combat durement son adversaire avec RahXephon, mais grâce à sa motivation sans faille, il triomphera. Futagami assiste interloqué à la propagation de messages lumineux dans toute la ville, et ils s'adressent tous au pilote du titan. "Comment vas-tu ?", "Je t'aime". Hiroko saigne, est déchirée par les dégâts que le Dolem reçoit, mais elle lutte pour déclarer son amour... Jusqu'à la fin. Jusqu'à la victoire d'Ayato, qui réalisera avec horreur ce qu'il a commis en lisant un "adieu" de lumière. Au matin, Futagami vient recueillir un jeune homme brisé...