Elvy et Haruka se trouvent devant une école primaire vide, la nuit. C'est là que cette dernière a connu Ayato, et qu'elle en est tombée amoureuse. Mais elle n'est plus que la femme qui a 12 ans de plus que lui... Le cri d'effroi d'Ayato résonne dans la nuit, il tombe à la renverse à travers la porte de verre de la salle d'eau, en panique. RahXephon réagit. Maya Kamina s'approche alors de son fils et le drogue, tout en le rassurant, lui disant qu'elle l'a élevé et l'aime comme son fils. Dans le ciel de Tôkyô, le titan ailé vole à la recherche de son intrumentiste, et bien qu'il soit attaqué par les Metronome en patrouille, les Tôkyôïtes n'y prêtent aucune attention.
"Qui suis-je ?". Ayato n'a plus de repère, son regard perdu dans le vague, il écoute sa mère lui dire que Tôkyô-Jupiter n'a été créé que pour lui, tout pour l'instrumentiste... C'est alors que le reflet de Reika/Ixtli apparaît dans un miroir brisé, défiant Maya. Elvy et Haruka espionnent la maison des Kamina, et la première réalise que son amie est toujours sous le charme de l'adolescent qu'elles sont venues chercher. Hiroko arrive non loin de là et est accueillie par Mamoru, étrangement présent ici. A l'hôpital, Quon entonne un chant mystérieux. Maya en est vite avertie par son état major et donne ses ordres. Haruka reconnaît sa tante, la fille adoptive de Rikudoh.
Les Dolem Falsetto et Allegretto attaquent RahXephon ! L'un d'eux périra vite. Maya révèle à son fils que les Muliens sont des humains, dont peu ont pu être sauvés. En tous cas, ce ne sont pas des monstres. Ayato, retrouvant ses esprits, demande alors à sa mère de s'habiller comme le chef des Muliens, conformément à sa vision de la "vérité". Dehors, Hiroko est agressée par un Mamoru un peu trop entreprenant. En le frappant, il tombe du sang bleu et des coups de feu se font entendre. En ville, un oeuf noir flotte dans le ciel, avec Quon et Ixtli à son sommet. Maya avoue à son fils qu'elle ne l'a pas porté, mais qu'elle aurait vraiment aimé être sa mère biologique.
RahXephon arrive sur les lieux, de même que Haruka, qui voit Ayato s'échapper (sa mère étant occupée). Celle-ci croise Maya, qui semble l'avoir déjà vue... "Tu es devenue très forte". Le jeune homme tombe sur Hiroko, qui déambulait, blessée. Maculée de sang bleu, elle s'obstine à vouloir qu'il soit rouge, et Ayato ne peut qu'acquiescer pour ne pas la perturber davantage. Désespérée, elle veut partir avec lui. En ville, Ixtli dit à Quon qu'un autre elle l'attend, quelque part... Ayato rejoint RahXephon, et monte à son bord, les larmes aux yeux. Haruka assiste impuissante au nouveau départ de celui qu'elle aime. C'est Elvy qui la résonnera, et la fera sortir avec le Vermillon.