Ayato et Megumi sont sur un bateau avec Kim Hotal, une collègue de Meg. Ils viennent vite à discuter ensemble, mais dès que la dernière évoque le statut de pilote du jeune homme, celui-ci réfute toute implication de sa part dans le conflit avec Mu. Plus tard, le personnel du QG de TERRA assiste à la télévision à la conférence de presse organisée par son directeur, Shirow Watari, et le commandant Kunugi. Ceux-ci répondent à différentes rumeurs concernant la dissolution de TERRA et la flotte de l'Alliance mobilisée pour aller chercher une arme secrète à Nirai-Kanai... Cette réunion est interrompue par les échos d'un attaque de D-1 sur la ville de Hakodate.
Peu après, le major Yagumo (commandant en l'absence de Kunugi) organise un briefing sur l'attaque du D-1, et le docteur Kisaragi montre la similitude entre l'aria du Dolem, et celui de l'arme de Mu qui a attaqué Canberra, voilà 14 ans. Très vite, l'émerveillement d'Ayato devant les "prouesses" de ce Dolem énerve Kim au plus haut point, et elle ne manque pas de déclencher une violente dispute. On apprend ensuite que Kim a perdu ses parents, qui étaient en vacances en Australie il y a 14 ans... Kunugi et Watari, quant à eux, rapportent de façon détaillée les évènements récents à un certain "Lord Bähbem". Itsuki fait ensuite des test sur RahXephon avec Ayato.
Kim a volé l'enregistrement de l'aria du D-1, un document top secret. Tandis qu'elle écoute la boîte à musique qui lui est parvenue de la part de ses parents le lendemain de leur mort, elle comprend ! Aidée des paroles fugaces de Quon, elle réalise que l'aria du Dolem forme une sorte de "plan d'attaque", et en déduit sa prochaine cible. Une équipe spéciale est alors mobilisée vers la ville en question, avec RahXephon. A la nuit tombée, le monstre débarque, et commence à engloutir la ville dans un "espace de phase", une sorte de néant, de distorsion. Même si Ayato mène un combat acharné, il se retrouve finalement dominé, et commence à être englouti, pour l'éternité...
Quelques heures avant, sous le couchant, Ayato expliquait à Kim qu'il piloterait bien l'arme secrète de TERRA, mais pas par vengeance comme elle le pensait, juste parce qu'il est le seul à pouvoir le faire. Alors qu'il est noyé dans les limbes du néant, le jeune homme voit Reika Mishima, nimbée de lumière, qui lui tend la main. Quand il la saisit, les ailes sur la tête de RahXephon se mettent à battre et ramènent le géant dans la réalité ! Galvanisé, Ayato se dresse sur le chemin de son adversaire, qui vient littéralement se pulvériser sur lui. Le lendemain, une fois le calme revenu, Kim fête ses 19 ans, après avoir remercié celui qui l'a vengée sans le vouloir.