"Réveille-toi Ayato !" "- Ayato ? Je suis RahXephon..." Sur ces mots le titan mystique muni d'ailes sur la tête sort de la Chambre de Rah, surprenant ceux qui se battaient encore dans le ciel de Tôkyô. Bien que paraissant bridé, il détruit néanmoins la plupart des avions qui l'attaquent tout comme il blesse gravement le Dolem Fortissimo. Après cette brêve escarmouche, RahXephon retourne dans son oeuf brisé, "Ollin" est emmené dans l'hôpital le plus proche, Hiranipra (la cité volante) disparaît, et Maya se félicite que la situation ait été sous contrôle...
Ayato se réveille dans un hôpital, le lendemain du jour où il a rencontré Reika, qui a d'ailleurs disparu. En attendant que sa mère vienne le chercher, il est pris d'une crise de flashback qui lui montre des bribes d'images avec des montres et des avions : le chaos. Sur le chemin du retour, Maya Kamina parle avec son fils du combat de la veille et confirme la version des faits du journal télévisé : il n'y a pas eu de "monstre ailé". Enfin rentré chez lui, Ayato discute avec Reika par téléphone, mais ce qu'il ne sait pas, c'est que sa mère va recomposer le numéro. Toutefois... "Le numéro que vous avez composé n'est pas attribué"...
De retour au lycée, on apprend dans le cours d'anglais du jeune homme que toute la planète, excepté Tôkyô, a été détruite, et le reste de l'Humanité avec ! Ayato évoque ensuite sa journée avec Reika Mishima, que ses amis n'identifient pas jusqu'à la voir elle-même se présenter devant eux. La mémoire leur revient assez subitement... Seul à seul, la jeune fille installe le doute dans l'esprit de Kamina en lui parlant de ce qu'ils ont vu la veille. Mais ce n'est que le début des révélations, car Ayato en rentrant chez lui, découvre une lettre de Haruka Shitow lui donnant un rendez-vous pour "répondre à ses interrogrations". Et c'est en entendant celle-ci qu'il tombe des nues...
La population mondiale n'est pas de 24 millions d'humains, mais de 6 milliards ! Haruka l'entraîne vers l'avion avec lequel elle a infiltré Tôkyô, tandis qu'au même moment, Reika marche sur l'eau en esquissant un sourire ambigu devant RahXephon, qu'elle réveille par son chant. Quand le titan dévoile son visage, il attire à lui Ayato, rentré dans une transe dont il n'a pas conscience. Alors qu'il pénètre dans ce qui semble être le cockpit de RahXephon, et panique complètement en retrouvant ses esprits à l'intérieur, sa mère arrive sur les lieux. Et c'est avec horreur qu'il découvre, à cause d'une éraflure sur la joue de celle-ci, qu'en celle qui l'a élevé et chéri coule un sang... Bleu.